该片由立川让(《零的执行人》)执导,樱井武晴编剧,聚焦柯南、灰原哀与黑暗组织之间的纠葛。在园子的邀请下,柯南与少年侦探团一起访问了八丈岛。柯南潜入设施内后,发生了一名女性工程师被黑衣组织绑架的事件,她所拥有的记录某个信息的USB被落入组织手中。而此时身在八丈岛的灰原哀身边,也正有黑影在悄悄靠近。《银河护卫队3》是(转投DC的)詹姆斯·古恩和漫威的最后一次合作,但这不代表片中角色就此落幕。从两个片尾彩蛋来看,新的银河护卫队,还有单飞的“星爵”都会在未来漫威影视剧中回归。而詹姆斯·古恩也在力促未来DC和漫威“跨宇宙”合作。当然这些都是后话。